José Gomes tornou-se líder da equipa técnica dos insulares, depois do acordo estabelecido a 14 de Novembro de 2019. Tratou-se do regresso ao futebol português, na sequência do bom trabalho desenvolvido no Reading, em Inglaterra.
Sob comando do experiente treinador, os madeirenses garantiram, na temporada de 2019/2020, a permanência de forma tranquila na I Liga de Portugal.
Um dos resultados que mais se destacou foi a vitória, no Funchal, frente ao Benfica por 2-0. Nanu marcou dois golos aos 74 e 78 minutos.
No final da época, José Gomes rumou a Espanha, para treinar o Almería na II Liga de “nuestros hermanos”.
